熟练使用炼金术的少年爱德华·艾尔利克与其弟弟阿尔方斯·艾尔利克，为了寻找取回由于自己过去所犯错误而失去的东西的方法，在阿美斯特利斯内展开着旅程 在阿美斯特利斯首都中央城市的中央监狱内，关押着一名叫做梅尔文·博伊贾的犯人。虽然本已即将刑满释放，但梅尔文在读过报纸上的某一篇报道以后，逃狱了。目击了梅尔文所使用的未知炼金术的艾尔利克兄弟俩为了了解那种炼金术的详细情况而追着他，一直来到了临近西面边境的桌城。 这座城市过去被称作“米洛斯”，周围被巨大的悬崖“死亡峡谷”所包围着。在这座城市里，艾尔利克兄弟遇到了属于抵抗组织“黑蝙蝠”的1名少女。在这个名叫茱莉亚·克莱顿的少女的引导下，兄弟俩逐渐了解到了曾经发生在这里的惨剧、以及米洛斯人民悲惨的历史。