一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩、奥利安座渣加等五位亡灵圣斗士。正享受和平生活的星矢、紫龙、瞬和冰河收到艾莉丝送来的挑战书，他们重新穿上圣衣前往女神被困所在。到达圣域的星矢众人遭遇亡灵五人组，随即陷入艰苦鏖战。女神危在旦夕……　　本片为动画片《圣斗士星矢》第一部剧场版。