（奶茶@追新番原创翻译 转载请注明出处）为了阻止志志雄而来到京都的剑心，得知志志雄已乘坐装甲舰前往东京为了拯救被志志雄抓走的小薰，剑心跳入海中，却被独自一人冲到了岸边，后被师父比古清十郎所救。剑心认为现在的自己无法战胜志志雄，恳求师父传授自己奥义。另一方面，得知剑心还活着的志志雄给政府施加压力，威胁政府要将剑心作为刽子手时代的罪行全部公诸于众。面临最大危机的剑心能否战胜敌人，与行踪不明的小薰再会呢？